在合福高鐵開通之時,除了新增的高鐵線路,廈門還有其它線路旅客列車將進行調整。
廈門北~福州D6204次改廈門始發;廈門北~南昌西D6528次改廈門始發。同時,新增福州南~廈門北D6239/40次1對。
有部分變更運行區段,原徐州~廈門K177/8次運行區段改為徐州~廣州東;原龍巖~北京西K572/1次延長至廈門始發終到,運行區段改為廈門~北京西;合肥南~深圳北D3128/5、D3126/7次運行區段縮短至南京始發終到,運行區段改為南京~深圳北,車次改為D3125/6次,經停廈門北。
還有部分停運的列車,包括廈門北~北京南G166/5次、廈門北~南京南 D3118/7次、龍巖~廈門K8711/2次。