內設科室：
辦公室：主要職能為協調局機關和直屬單位工作，督促重大事項落實；承擔局機關會務、文電、機要、檔案、保密、統計、安全保衛等日常事務工作；承擔政府信息公開、辦公自動化、效能建設、精神文明建設、提案議案、信訪、督查等工作；按管理權限負責人事管理、國有資產、財務管理、計劃生育及離退休人員管理以及各縣（市、區）環保局領導干部雙重管理工作；參與處理涉外的環境保護事務，協助處理突發、緊急事件。
政策法規科：主要職責：組織環境保護政策調研，擬訂我市環境保護綜合性政策和規范性文件，負責本局有關規范性文件的合法審核；擬訂并實施全市環境保護科技政策、規劃、計劃，組織協調環境保護科學研究、技術引進、科技攻關和技術工程示范；組織本局環境保護行政處罰、行政復議、行政賠償和應訴等工作；組織全市環境保護執法檢查，參與跨區域、跨流域重大環境問題和重大環境污染事故的調查處理；檢查環境保護政策法規和規范性文件的落實情況，實施和指導市長、縣（市、區）長環保目標等考核工作；負責審核全市環境保護資質認可工作；組織實施環境保護國家標準與行業標準，推動環保產業發展，指導市環境保護學會（協會）開展工作。承擔市環委會辦公室和局法制工作委員會的日常工作。
污染物排放總量控制科：主要職能為根據國家和省里要求，組織實施全市主要污染物排放總量控制、排污許可證制度；擬訂并組織實施全市污染減排規劃、計劃，承擔減排監督核查組織工作以及牽頭協調減排監測體系建設；負責環境統計、污染源普查和政府績效考核環保指標采集等工作；負責交通整治、機動車污染防治管理；承擔市主要污染物總量減排領導小組辦公室日常工作。
污染防治科：主要職責：組織開展地方環境綜合分析研究；監督管理全市大氣、噪聲、惡臭、重金屬、固體廢物、化學品的污染防治；負責企業上市審查及清潔生產審核，指導企業開展清潔生產工作；組織實施城市、縣城環境綜合整治及定量考核，指導縣（市）級環保模范城市創建工作；組織實施重點區域環境整治、危險廢物監督管理和重點污染源限期治理；負責限制類可利用固體廢物進口申請初審工作；承擔醫療廢物處置經營許可，拆除閑置污染防治設施許可和向大氣排放轉爐廢氣、電石氣、電爐法黃磷尾氣、有機烴類尾氣許可相關工作；負責環境安全和安全生產的環境保護工作，牽頭協助政府處理全市環境污染事故，指導地方政府突發環境事件的應急、預警工作；組織和指導污染防治設施運行情況檢查，指導和協調解決跨區域環境污染糾紛；參與推動再生資源回收利用和循環經濟的發展;承擔泉州市國家環保模范城市復查迎檢領導小組辦公室及全市突發環境事件應急工作領導小組辦公室日常工作；負責其他各類城市創建（衛生城市、園林城市、文明城市等）環保相關工作；配合開展城市聯盟、誠信泉州、和諧企業、文物保護、再生資源回收、食品安全、餐桌污染、職業危害、整頓和規范市場經濟秩序、市場化（價格聽證）等工作。
環境影響評價科：根據國家、省有關建設項目環境保護管理政策、法規等要求，擬訂全市建設項目環境保護管理規范性文件，并監督執行；負責規劃環境影響評價、項目環境影響評價審查、審批；組織實施建設項目環境保護竣工環保驗收；根據局授權行使市行政服務中心環保窗口日常管理職能；配合上級環保部門對全市環境影響評價機構資質和相關職業資格的管理工作；參與組織重點環境治理工程以及重大環境問題的調查處理；配合開展港口建設、外經工作、工業區管理、“9.8”洽談會、“6.18”項目成果交易會等工作；承擔本局建設項目環境保護審查委員會日常工作。
水環境監督管理科：擬訂水污染防治的政策措施并組織實施水污染防治；負責全市地表水環境功能區劃分工作；組織實施全市飲用水水源保護區劃定工作；會同有關部門制定實施全市飲用水源水源地環境保護規劃、重點流域水污染防治規劃、近海水域水環境污染綜合整治規劃，監督檢查規劃實施情況；組織實施重點流域跨縣（市、區）界水質考核評估，牽頭協助政府處理重大地表水水環境污染事故及跨界水環境污染糾紛；指導、協調和監督全市海洋環境保護工作，監督管理海岸工程、陸源污染、拆船等海洋環境污染防治工作；配合開展小水電清理；承擔市重點流域環境污染綜合治理領導小組辦公室、市近海水域水環境污染綜合治理領導小組辦公室日常工作。
自然生態保護科：主要職責：組織實施自然生態保護規章和政策；組織編制我市生態保護規劃、自然保護區規劃；對全市自然保護區的保護工作進行監督，提出新建市級自然保護區相關方面的審批建議；監督自然資源開發活動中的環境保護；指導和監督礦區復墾、生態破壞恢復整治、荒漠化防治和濕地環境保護工作；組織編制并實施全市環境保護規劃，審核環境保護專項規劃以及綜合性規劃中的環境保護內容；組織編制全市環境功能區劃，參與制定全市主體功能區劃；管理有關環保項目、資金，配合有關部門做好組織實施和監督工作；組織擬訂生物多樣性保護計劃負責生物技術環境安全；指導、協調和監督全市農村生態環境保護工作，指導全市生態示范區建設和生態農業建設；配合開展生態市、小城鎮建設、畜禽養殖污染治理、農業污染治理、礦山治理等工作；負責土壤污染狀況調查工作；承擔核安全、輻射環境等日常管理，參與輻射環境事故應急處理、核事故應急處理工作；牽頭協助政府處理重大生態環境破壞事件；監督執行國家、省環境監測制度，指導全市環境監測網建設、隊伍建設和業務工作；組織編制和發布全市環境狀況公報等環境信息。
機關黨總支：負責機關和直屬單位黨群工作。
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